A conquista de Oaxaca foi relativamente pacífica, pois os senhores zapotecas e mixtecas achavam que encontrariam nos europeus os aliados de que precisavam para derrotar os astecas.
Por outro lado, outros grupos como os Zapotecas da Serra, os Chontales e especialmente os Mixes resistiram e levaram a cabo uma sequência de rebeliões. Com o seu triunfo e ainda no século 16, os espanhóis despojaram os indígenas de suas terras, legalizando essa ação por meio de encomiendas, mercedes e divisões concedidas pelo rei, delineando assim, desde o início da conquista espanhola, o desequilíbrio e a desigualdade que prevaleceria entre a sociedade espanhola e a indígena.
Os abusos dos colonizadores foram tão abundantes que boa parte do trabalho realizado pelas duas Audiencias e pelo vice-rei Antonio de Mendoza visava limitar o poder do marquês do Vale de Oaxaca, de Hernán Cortés e dos encomenderos. Assim, eles se propuseram a fortalecer a autoridade real e é por isso que as Novas Leis (1542) foram promulgadas e uma administração complexa foi criada. A tarefa de evangelização na região Mixteca e Zapoteca foi obra da ordem dominicana que construiu, com obras basicamente indígenas, suntuosas igrejas e conventos nos lugares onde se concentravam os grandes centros populacionais, como a cidade de Antequera, Yanhuitián e Cuilapan. .
A conquista espiritual foi mais radical e violenta do que a conquista militar. Para manter o controle da população, os conquistadores mantiveram, com modificações, certas estruturas indígenas de tal forma que alguns dos chefes do Vale do Oaxaca e da Mixteca Alta conseguiram preservar antigos privilégios e propriedades; Em vez disso, para converter os povos da América ao Cristianismo, os missionários se esforçaram para destruir qualquer vestígio da religião do mundo pré-hispânico.
Apesar do declínio demográfico da população nativa, causado por epidemias e maus-tratos, o século XVI foi de crescimento econômico devido à introdução de novas técnicas, culturas e espécies. Na Mixteca, por exemplo, bons lucros eram obtidos com a exploração de bichos-da-seda, gado e trigo. O desenvolvimento do mercado urbano e das minas contribuíram para esse crescimento.
No entanto, essa prosperidade foi interrompida pelos problemas que a mineração enfrentou desde 1590. O comércio entre Sevilha e a América diminuiu e o declínio da população fez com que o consumo das cidades diminuísse e a força de trabalho fosse reduzida à sua expressão mínima.
No século XVII, o da depressão econômica foi quando as estruturas coloniais foram definidas, o esquema de dominação foi consolidado e os mecanismos de uma economia dependente foram estabelecidos. A aplicação de um esquema comercial monopolista e centralizado dificultou o desenvolvimento econômico regional, fazendo com que áreas tão ricas como o Vale de Oaxaca orientassem sua economia para a autossuficiência, apesar da importância da produção e do comércio de cacau, índigo e cochonilha. .
Já na segunda metade do século XVII, a economia da Nova Espanha começou a melhorar: a produção mineira se recuperou, o comércio com a América Central e o Peru foi permitido novamente e a população indígena começou a se recuperar. Nessa época, os espanhóis que viviam na Mixteca e no Vale de Oaxaca se dedicavam à pecuária em grandes proporções e as fazendas combinavam com sucesso a produção de trigo e milho com a pecuária. A economia colonial foi reestruturada entre 1660 e 1692, lançando as bases para o século iluminista.
A Nova Espanha cresce e prospera na Idade do Iluminismo. O território dobra, a população triplica e o valor da produção econômica é seis vezes maior. O melhor exemplo desses avanços se observa na mineração, eixo econômico central que, embora ainda escravizante, passou de trabalhar 3.300.000 pesos em 1670 para 27.000.000 em 1804.
A opulência da Nova Espanha se manifesta na intensa atividade construtiva e transborda na magnificência do Barroco, foi então que em Antequera se construíram, entre outras coisas, a Capela do Rosário da Igreja de Santo Domingo, a Igreja do Santo Domingo. Soledad, San Agustín e Consolación.
O século 18 foi o século da modernização das reformas políticas e econômicas empreendidas pelos reis Bourbon.
Em 1800, o México havia se tornado um país de extraordinária riqueza, mas também de extrema pobreza, a maioria da população estava ligada às fazendas e comunas, eram maltratados nos locais de trabalho, escravizados nas minas e engenhos, sem liberdade, sem dinheiro. e sem qualquer chance de melhorar.
Os peninsulares espanhóis monopolizaram o poder político e econômico; Tais condições de desigualdade social, econômica e política acumularam tensões e descontentamento. Por outro lado, o impacto de acontecimentos como a Revolução Francesa, a independência dos Estados Unidos e a Revolução Industrial inglesa abala as consciências americanas e a ideia da Independência da Nova Espanha começa a ganhar corpo nos crioulos.
