Nasceu em Como, Itália em 1702 de nascimento nobre. Na Espanha, onde chega fugindo da guerra da Áustria, recebe amplos poderes para receber a pensão dos descendentes de Moctezuma nas Cajas Reais do México.
Ele viajou para a Nova Espanha em 1736. Durante os oito anos de sua estada, ele se dedicou a investigar as aparições da Virgem de Guadalupe, reunindo considerável material gráfico e pictográfico. Promove o coroamento da imagem guadalupana, o que causa desconfiança das autoridades do vice-reinado. Ele é feito prisioneiro e sua coleção é desfeita. Meses depois, ao ser deportado para a Espanha, embarca em um navio que cai nas mãos dos piratas que o abandonam em Gibraltar.
Com grandes obras chegou à Espanha e entrou em contato com o colecionador Mariano Fernández de Echeverríay Veytia que conseguiu sua absolvição sendo nomeado Cronista Real das Índias, cargo que Boturini recusou para se dedicar a escrever sobre a história dos povos indígenas. Embora ele nunca recupere sua coleção, ele escreveu o Catálogo do Museu do Índio sobre ela. Seu trabalho é muito original e bem documentado. Morreu em Madrid em data incerta, entre 1750 e 1755.
