Hidalgo partiu para Aguascalientes e rumou para Zacatecas. De Zacatecas, Hidalgo passou pelas Salinas, Venado, Charcas, Matehuala e Saltillo.
Aqui ficou determinado que os principais líderes, com as melhores tropas e o dinheiro, partiriam para os Estados Unidos. Já a caminho, foram feitos prisioneiros pelos monarquistas em 21 de março em Norias del Baján ou Acatita del Baján. Hidalgo foi levado para Monclova, de lá partiu no dia 26 de março pelo Alamo e Mapimí e no dia 23 entrou em Chihuahua. Então o processo foi formado e em 7 de maio foi feito o primeiro depoimento. O carácter eclesiástico de Hidalgo atrasou mais o seu julgamento do que o dos seus companheiros.A sentença de rebaixamento foi pronunciada a 27 de Julho e a 29 de Julho foi executado no Royal Hospital onde Hidalgo estava detido. O Conselho de Guerra condenou o prisioneiro a ser armado, não em local público como seus companheiros, e a disparar contra ele no peito e não nas costas, preservando-lhe a cabeça. Hidalgo ouviu a frase com calma e se preparou para morrer.
O seu último dia foi assim descrito: “De volta à prisão, foi-lhe servido um pequeno-almoço de chocolate e, ao tomá-lo, rogou que em vez de água lhe fosse servido um copo de leite, que terminou com uma extraordinária demonstração de apetite e prazer. Um momento depois, ele foi informado de que havia chegado a hora de ir para a tortura; Ele ouviu sem alteração, pôs-se de pé e declarou que estava pronto para partir. Com efeito, ele saiu do cubo horrível em que se encontrava e, tendo avançado quinze ou vinte passos dele, parou por um momento, porque o oficial da guarda lhe perguntou se alguma coisa lhe foi oferecida para se desfazer por último; A isso ele respondeu que sim, que queria que trouxessem alguns doces que ele havia deixado em seus travesseiros: eles realmente os trouxeram e, tendo-os distribuído entre os mesmos soldados que deviam fazer fogo sobre ele e marchavam atrás dele, ele os encorajou e confortou com seu perdão e suas palavras mais doces para fazer seu trabalho; E como sabia muito bem que tinha recebido ordem de não atirar na cabeça, e temia sofrer muito, porque ainda era crepúsculo e os objetos não eram vistos com clareza, concluiu dizendo: "A mão direita que vou colocar no peito será , meus filhos, o alvo seguro a que deveis ir ”.
“O banco da tortura tinha sido colocado ali num curral interior da referida escola, ao contrário do que foi feito com os outros heróis, que foram executados na praça atrás do edifício, e onde hoje se encontra o monumento. que nos lembra dele e do novo shopping que leva seu nome; e quando o fidalgo soube do lugar para onde ia, marchou com passo firme e sereno, e sem permitir que os olhos fossem vendados, rezando com voz forte e fervorosa o salmo Miserere me; Chegou ao cadafalso, beijou-o com resignação e respeito, e apesar de alguma altercação que não o fez sentar-se de costas, ocupou o assento de frente, colocou a mão no coração, lembrou aos soldados que aquele era o ponto onde deveriam atirar nele, e um momento depois o disparo de cinco rifles explodiu, um dos quais efetivamente perfurou a mão direita sem ferir o coração. O herói, quase impassível, forçou sua oração, e suas vozes foram silenciadas quando outros cinco canos de fuzil foram detonados novamente, cujas balas, passando pelo corpo, romperam as amarras que o prendiam ao banco, e o homem caiu em um lago de sangue, ele ainda não havia morrido; mais três balas foram necessárias para acabar com aquela existência preciosa, que havia respeitado a morte por mais de 50 anos. "
O sol mal havia nascido quando já se tinha posto ao público, numa cadeira e a uma altura considerável, e precisamente do lado de fora dela. Suas cabeças, com as de Allende, Aldama e Jiménez, foram colocadas em gaiolas de ferro nos cantos da Alhóndiga de Granaditas em Guanajuato. O corpo foi enterrado na ordem terceira de San Francisco de Chihuahua, e em 1824 o tronco e a cabeça foram trazidos para o México, para serem enterrados com grande solenidade.
