A história da cidade que originalmente era chamada de Reino da Nova Galícia continua.
Existe também o antigo colégio jesuíta de Santo Tomás de Aquino, construído na última década do século XVI e que em 1792 foi ocupado pela Universidade. Da construção, resta apenas o que foi a igreja, com a sua cúpula monumental do século passado, e a capela do Loreto anexa, construída em 1695 por Juan María de Salvatierra. O templo de San Juan de Dios, que antigamente era a Capela de Santa Veracruz, construída no século XVI por Dom Pedro Gómez Maraver, foi erguido no século XVIII com uma fachada barroca de características sóbrias. A igreja de La Merced, de estilo barroco semelhante ao de San Juan de Dios, embora mais ornamentada, foi fundada no século XVII pelos frades Miguel Telmo e Miguel de Albuquerque.
O Templo de La Soledad foi construído no final do século XVII e início do século XVIII a pedido de Juana Romana de Torres e seu marido, o capitão Juan Bautista Panduro. No local estava a confraria de Nossa Senhora da Solidão e do Santo Sepulcro, ocupando uma capela dedicada a São Francisco Xavier. O templo e escola de San Diego, obra do século XVII; o primeiro com uma fachada muito sóbria que já parece pertencer ao estilo neoclássico e o segundo com uma bela arcada que adorna o seu antigo claustro.
A igreja de Jesús María, anexa ao convento com o mesmo nome, foi fundada em 1722; ainda preserva suas fachadas barrocas, nas quais se podem ver grandes esculturas que representam a Sagrada Família, a Virgen de la Luz, São Francisco e Santo Domingo.
Por fim, é importante destacar mais três construções religiosas que surgiram como os melhores exemplos, cada uma de sua espécie, do desenvolvimento da arquitetura colonial em Guadalajara, principalmente entre os séculos XVII e XVIII. Assim, temos a capela de Aránzazu, de meados do século XVIII, com o seu curioso campanário e o seu interior decorado com magníficas pinturas e retábulos churriguerescos da mesma época e considerados os melhores da cidade. O convento e a igreja de Santa Mónica, fundados pelo Padre Feliciano Pimentel na primeira metade do século XVIII; seu templo exibe uma fachada dupla com rica ornamentação classificada como o melhor exemplo do exuberante estilo barroco salomônico. O templo de San Felipe Neri, construído em 1766 pelo arquiteto Pedro Ciprés, forma um conjunto de sobriedade extraordinária que incorpora elementos com reminiscências platerescas em sua ornamentação, aspecto que coloca o templo como o melhor edifício religioso de Guadalajara.
Nas edificações que correspondem à arquitetura civil encontram-se alguns edifícios admiráveis, entre os quais podemos citar o Palácio do Governo, antigas casas reais que foram modificadas no século XVIII a partir de projeto do engenheiro militar Juan Francisco Espino, embora a fachada fosse obra de Miguel José Conique. O edifício foi concebido essencialmente no estilo barroco, mas já nele se notam certas tendências neoclássicas. Os escritórios reais, que ficavam no desaparecido Palácio de Medrano, e os tribunais funcionavam no local.
Temos também o que foi o Seminário Conciliar dedicado a San José, inaugurado por Dom Galindo y Chávez em 1701, hoje ocupado pelo Museu Regional de Guadalajara, com seu claustro principal de colunas em estilo toscano e seus portais barrocos. O famoso Hospicio Cabañas construído no início do século XIX, seguindo os planos do ilustre arquiteto Manuel Tolsá, dirigiu a obra José Gutiérrez e finalizado anos depois pelo arquiteto Gómez Ibarra, e que constitui um notável exemplo do estilo neoclássico.
Entre outras pequenas construções que deram unidade estilística à cidade de Guadalajara, podemos citar, embora nem todas estejam preservadas: o imponente casarão do século XVI que ficava em frente ao que foi a praça San Sebastián no bairro Analco. A casa na Calle de la Alhóndiga nº 114, atualmente Pino Suárez. As residências que pertenceram à família Sánchez Leñero no nº 37 e a do senhor Dionisio Rodríguez no nº 133 da Calle de Alcalde. A casa Calderón, tradicional confeitaria colonial fundada em 1729 e localizada na esquina das antigas ruas de Santa Teresa e Santuário, hoje Morelos e Pedro Loza; o de Francisco Velarde, no estilo neoclássico, e por último o que era o casarão Cañedo, localizado em frente às traseiras da Catedral.
Nos arredores de Guadalajara, a terceira cidade mais importante do país, está o centro histórico de San Juan Bautista Melzquititlán, hoje San Juan de los Lagos. Esta vila tornou-se um importante centro religioso devido à grande tradição milagrosa da imagem da Virgem Maria que conserva a sua basílica, construída em meados do século XVII por Don Juan Rodríguez Estrada. Na mesma localidade encontram-se outras construções como o Templo da Ordem Terceira, a Capela do Calvário, a Capela do Primeiro Milagre, datando dos séculos XVII e XVIII. Existem também importantes edificações civis na população, como o Palácio do Colégio e a edificação dos Dízimos, entre outros.
Na localidade de Lagos de Moreno poderá observar a sua freguesia principal, uma obra do século XVII com uma bela fachada de estilo churrigueresco.
Por fim, em San Pedro Tlaquepaque encontram-se alguns exemplos da arquitetura religiosa barroca da região, como a freguesia de San Pedro e o Templo de Soledad.
