Construída nas encostas das colinas, a estrutura urbana desta cidade teve de se adaptar aos aspectos topográficos do terreno, embora procurando respeitar uma forma reticular como um tabuleiro de xadrez.
Este aspecto acabou por permitir-lhe crescer de forma medida e harmoniosa, que ao longo dos séculos manteve o seu carácter original. A sua fundação surgiu da necessidade de proteger e salvaguardar os viajantes que transitavam entre Zacatecas e a capital do então reino da Nova Espanha, transportando principalmente minerais e que eram sitiados pelos indígenas nómadas da nação Chichimeca. Por volta do ano de 1542, Fray Juan de San Miguel estabeleceu nas proximidades da atual cidade um povoado com o nome de Itzcuinapan, dedicando o Arcanjo San Miguel como padroeiro. Essa população primitiva tinha graves problemas de abastecimento de água, além dos contínuos e violentos ataques dos indígenas Chichimecas das regiões circunvizinhas. Por esta razão, os habitantes da Villa de San Miguel mudaram o assentamento alguns quilômetros para o nordeste; foi ali que em 1555, a pedido do vice-rei D. Luis de Velasco, seria fundada por D. Ángel de Villafañe a Villa de San Miguel el Grande. O vice-rei também exigiu que ali se instalassem vizinhos espanhóis, aos quais seriam concedidas terras e gado, enquanto os índios que ali viviam seriam perdoados do tributo e seriam governados por seus próprios chefes para evitar futuras rebeliões.
Em 8 de março de 1826, o Congresso do Estado a transformou em cidade e mudou seu nome, que passou a ser San Miguel de Allende, em homenagem ao famoso insurgente que ali nasceu em 1779.
Dentro desta atraente imagem colonial, vários palácios verdadeiramente notáveis da época estão alojados. Entre os que mais se destacam está o Paço Municipal, antiga Câmara Municipal construída em 1736. Casa onde nasceu Ignacio Allende, exemplo da arquitectura barroca da cidade, sobretudo na fachada, e que hoje funciona como Museu Regional. A Casa del Mayorazgo de la Canal, com uma bela fachada neoclássica, foi concluída no final do século XVIII por José Mariano de la Canal e Hervas, vereador, decano e estandarte real. O antigo solar de Don Manuel T. de la Canal, uma construção de 1735 que foi recondicionada de acordo com um projeto do ilustre arquiteto espanhol Don Manuel Tolsá em 1809; O edifício abriga atualmente o Instituto Allende e destaca a amplitude de seus pátios internos, uma bela capela e sua extraordinária arcada. A Casa do Inquisidor, que serviu de residência ao comissário do Santo Ofício e data de 1780. A Casa do Marqués de Jaral de Berrio, construída no final do século XVIII, e a dos Condes de Loja com a sua elegante fachada.
No que diz respeito à arquitetura religiosa, a cidade também possui tesouros arquitetônicos de extraordinário valor, como a igreja e o convento de Santo Domingo, uma construção sóbria de 1737. O convento Leal de la Concepción, que atualmente é o Centro Cultural, É um edifício notável pelo seu enorme pátio; Foi construído no século XVIII pelo arquitecto Francisco Martínez Gudlño.
A capela de Santa Cruz del Chorro, uma das mais antigas; o templo da Ordem Terceira, que data do início do século XVII. O belo complexo do templo e oratório de San Felipe Neri, do início do século XVIII; a igreja tem uma fachada barroca exuberante feita em pedreira rosa e decorada com forte influência indígena. O seu interior apresenta uma decoração variada e rica entre móveis, esculturas e pinturas dignas de admiração, além da esplêndida capela da Santa Casa de Loreto e do seu Camarín de la Virgen, ambos primorosamente decorados e devido à devoção do Marquês Manuel Tomás de la Canal. Junto ao oratório encontra-se o templo de Nossa Senhora da Saúde, construído no século XVIII com a sua fachada recuada coroada por uma grande concha.
Também entre os mais atractivos da cidade, está o templo de São Francisco, do século XVIII, com a sua bela fachada churrigueresca, sendo que a famosa freguesia é quase um símbolo de São Miguel de Allende; Embora a sua construção de estilo neo-gótico seja mais recente, foi construída sobre a estrutura do antigo templo do século XVII, respeitando integralmente o seu interior e a sua planta original.
Muito perto da cidade encontra-se o santuário de Atotonilco, uma construção do século XIII de proporções sóbrias que parece uma fortaleza e no interior da qual se conservam valiosas pinturas do mesmo século.
