Ele participou da conspiração de Valladolid em 1809 e mudou-se para Querétaro onde assistiu às reuniões do magistrado Miguel Domínguez e sua esposa.
Em setembro de 1810, San Miguel comandou o regimento de dragões da Rainha. Lá ele é informado de que a conspiração foi traída. Ele vai até Dolores e relata o que aconteceu com Allende e Hidalgo, então o levante está avançado.
Ele apreende vários personagens realistas e é contratado para cuidar dos prisioneiros espanhóis. Participe na batalha de Monte de las Cruces. Março a Guanajuato e Zacatecas com Allende.
Foi feito prisioneiro em Acatita de Baján e fuzilado em Chihuahua em junho de 1811. Sua cabeça foi exposta na Alhóndiga de Granaditas até 1821. Dois anos depois, ele é declarado herói nacional.
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