Os vestígios arqueológicos de Ixtépete, centro cerimonial próximo à cidade de Guadalajara, no município de Zapopan, e as recentes descobertas de mais de vinte tumbas de poço no Vale de Atemajac, permitem inferir que houve ocupações importantes durante o período clássico (200 BC-650 DC)
Pouco antes da conquista, o Vale era habitado em sua maioria por grupos de Cocas e Tecuexes, reunidos em pequenas aldeias dependentes do domínio de Tonallan, que foram submetidos sem muita resistência por Nuño Beltrán de Guzmán em 1530.
No final do ano seguinte, Guzmán empreendeu a conquista para o norte, encarregando Juan de Oñate de cruzar o desfiladeiro do rio Santiago e na medida do possível mas com prudência, encontrou uma população espanhola sem se expor. Assim, em 5 de janeiro de 1532, perto de Nochistlán, na atual Zacatecas, Guadalajara foi fundada.
Condições adversas aos colonos causaram a transferência desta cidade para Tonalá, mas a estada lá foi curta e logo depois os hispânicos se estabeleceram perto de Tlacotan, onde permaneceram até 1541. A rebelião dos caxcanes mais conhecida como guerra Mixtón, que Ele colocou o domínio espanhol em sério perigo, ele alcançou os arredores de Guadalajara. Com a revolta sufocada "a fogo e sangue" pelo poderoso exército liderado pelo vice-rei Antonio de Mendoza, a cidade alcançou a paz mas ficou sem mão de obra indígena, por isso, em busca dela, decidiram deslocar a população, encontrando os Valle de Atemajac, onde foi feita a última e definitiva fundação em 14 de fevereiro de 1542. Posteriormente, foi confirmada a notícia de que, quase três anos antes, o rei lhe havia concedido o posto e os privilégios da cidade.
Em 1546 o Papa Paulo III criou o Bispado de Nueva Galicia e em 1548 a Audiencia com o mesmo nome foi estabelecida; A sede de ambas as jurisdições foi, inicialmente em Compostela, Tepic, até que em 1560 foi ordenada a sua mudança para Guadalajara, tornando-se assim a cabeceira judicial do vasto território então denominado Audiencia de Guadalajara, a capital do Reino de Nueva Galicia e a sede do Bispado. Como todas as cidades espanholas foram tiradas como um tabuleiro de xadrez da praça de San Fernando e também como era de costume, os bairros indígenas de Mexicaltzingo, Analco e Mezquitán ficaram de fora do plano. O processo de evangelização foi iniciado pelos franciscanos, seguidos pelos agostinianos e jesuítas.
Gradualmente, com dificuldades e retrocessos, mas também com sucessos, Guadalajara cresceu e se estabeleceu como um centro econômico e de poder, tanto que em meados do século XVIII um número significativo de pessoas ricas de Guadalajara queria que Nueva Galicia e Nueva Vizcaya integrassem um vice-reinado totalmente estrangeiro. à Nova Espanha, objetivo não alcançado porque estavam às portas as reformas político-administrativas de 1786, que modificaram a estrutura territorial, dividindo todo o vice-reinado em 12 municípios, um dos quais foi Guadalajara.
Durante a colônia, principalmente no século 18, o boom econômico deixou um legado arquitetônico, cultural e artístico, cujos testemunhos ainda permanecem por toda a cidade.
Os ares pró-independência que percorriam todo o território da Nova Espanha penetraram em Jalisco, de forma que quando estourou a Guerra da Independência em diferentes partes do Município houve revoltas.
Em 26 de novembro de 1810, Dom Miguel Hidalgo, comandando um grande exército, entrou em Guadalajara e foi recebido por José Antonio Torres, que pouco antes havia tomado a cidade. Hidalgo aqui emitiu um decreto abolindo a escravidão, papel carimbado e alcabalas e patrocinou a impressão do jornal rebelde El Despertador Americano.
Em 17 de janeiro de 1811, os insurgentes foram derrotados na ponte Calderón e as tropas monarquistas de Calleja recuperaram Guadalajara, assumindo o comando de José de la Cruz, que com o bispo Cabañas aniquilou qualquer erupção de rebelião.
Proclamada independência em 1821, o estado livre e soberano de Jalisco foi erigido, deixando Guadalajara como capital do estado e sede de poderes.
A instabilidade que prevaleceu ao longo de quase todo o século XIX no país, agravada pelas invasões estrangeiras, dificultou, mas não impediu que o Estado e principalmente na sua capital continuassem a desenvolver-se em várias ordens. Exemplos tangíveis são: no segundo quartel do século, a criação do Instituto de Ciências do Estado; a construção da Escola de Artes e Ofícios, o Jardim Botânico, a Penitenciária e o Panteão de Belém, bem como a abertura das primeiras fábricas.
No início dos anos oitenta surgiram os bondes urbanos de tração animal, a luz elétrica foi instalada em 1884, em 1888 chegou a primeira ferrovia do México e a de Manzanillo em 1909. Na década de noventa, Dom Mariano Bárcena fundou o Observatório Astronômico e o Museu Industrial.
Durante a revolução, em Guadalajara ocorreram alguns atos de rebelião contra a ditadura de Díaz, como greves operárias e protestos estudantis, e Madero foi até recebido em 1909 e 1910 com grandes manifestações de simpatia. No entanto, não houve eventos beligerantes após o desastre. Por outro lado, a capital Guadalajara sofreu uma espécie de estagnação que terminou em 1930 com o acordo da paz rompida pela guerra dos Cristeros, dando início a um desejo de modernização que não acabou.
Veja também Cidades Coloniais: Guadalajara, Jalisco
