Com apenas três ou quatro meses de chuva por ano, Colima foi capaz de reunir as condições necessárias para a vida humana graças aos numerosos riachos que vinham das partes altas do Volcán de Fuego. As evidências mostram que o homem se estabeleceu neste vale por volta de 1.500 aC.
A cultura conhecida como Complejo Capacha foram sociedades agrícolas e sedentárias que deram origem à famosa tradição dos túmulos de poço: câmaras mortuárias nas quais se depositavam ricas oferendas e cujo acesso era feito por meio de um poço vertical e redondo de 1,20 a 1,40. m de diâmetro. No centro recreativo de Tampumachay, na localidade de Los Ortices, encontram-se três túmulos com o fuste e abóbadas originais e, no interior, uma série de vasos de pedra e ferramentas oferecidas aos mortos.
Quando a religião tinha maior peso na organização social, a partir de 600 DC, os espaços cerimoniais começaram a ser construídos a partir de praças, pátios delimitados e plataformas retangulares de dimensões consideráveis. Os assentamentos mais complexos arquitetonicamente não se desenvolveram até depois de 900 DC.
O local que melhor representa este palco é La Campana. É um grande assentamento - sua área cerimonial ultrapassava 50 hectares - com uma sucessão de plataformas retangulares. No topo dessas plataformas, existem áreas provavelmente relacionadas ao armazenamento de grãos. Existem também sistemas residenciais complexos que, sem dúvida, devem ter sido ocupados por líderes civis e religiosos.
Dois aspectos se destacam neste local: a localização de túmulos de poço integrados em espaços cerimoniais e a existência de uma complexa rede de drenagem e condutas de água.
Outro importante sítio arqueológico de Colima é El Chanal, localizado a cerca de 6 km ao norte da cidade, que deve ter uma extensão máxima de 200 hectares. Por se estender por ambas as margens do rio Colima, é conhecido como El Chanal Este e El Chanal Oeste. Este último, embora não tenha sido totalmente investigado, apresenta uma evidente complexidade, visto que possui pátios, praças, estruturas, canais e ruas. El Chanal Este, por outro lado, foi em grande parte destruída porque a cidade moderna que leva seu nome foi estabelecida em suas ruínas.
As investigações mostram que no local existem elementos indicativos do duplo templo, do conceito de bancada-altar e dos altares-plataformas de pequenas dimensões, bem como um grande número de esculturas em massa, gravuras e relevos de pedra; figuras relacionadas ao Xantiles; cerâmica policromada formando contornos de águias e serpentes emplumadas; e, finalmente, metal. Mas o que mais se destaca nessa cultura é a presença do fenômeno urbano e a existência do calendário.
